Se dice que Alejo trató a los hijos de Diógenes, incluido Nicéforo, «como si fueran suyos».

Probablemente también se le concedieron importantes propiedades en Creta al mismo tiempo que su nombramiento.

[1]​[7]​[8]​ En junio de 1094, Nicéforo comenzó a conspirar contra Alejo, buscando matarlo e instalarse como emperador.

Debido a que era un porfirogéneta, al haber nacido de Romano mientras aún reinaba, tenía más legitimidad que Alejo, quien solo estaba relacionado por sangre con el trono a través de su tío Isaac I Comneno.

[9]​[10]​ También se describía a Nicéforo como poseedor de muchas características positivas, como encanto natural, personalidad magnética y buena apariencia.

Pasó los años restantes de su vida allí, estudiando literatura clásica y filosofía, que necesariamente le leían en voz alta.

A pesar de estas distracciones, Nicéforo «nunca olvidó su antiguo rencor contra el Emperador, sino que alimentó una ardiente expectativa de poder real»,[17]​ y aparentemente conspiró contra él una última vez; un amigo en quien Nicéforo había confiado informó a Alejo del complot, pero Nicéforo entregó todos los detalles cuando fue citado para interrogarlo, y finalmente fue perdonado.