[2]​ Nancy Obregón incursiona en el ámbito político cuando postuló a la alcaldía del distrito de Pólvora por el partido Somos Perú en 1998, sin embargo, no resultó elegida.

[3]​ En el año 2006, Nancy Obregón se afilia al Partido Nacionalista Peruano dirigido por Ollanta Humala y luego postula al Congreso de la República en las elecciones parlamentarias de ese mismo año en alianza con el partido Unión por el Perú.

Obregón fue elegida como congresista por el distrito electoral de San Martín, obteniendo 23,975 votos, para el periodo parlamentario 2006-2011.

En el año 2017, Nancy Obregón decidió renunciar al Partido Nacionalista Peruano tras discrepancias internas con Ollanta Humala y su esposa Nadine Heredia.

Nancy Obregón estuvo bajo cuestionamientos debido a presuntos vínculos con el narcotráfico y con el grupo terrorista Sendero Luminoso.