La gestión integral del sistema tributario estatal y aduanero se materializa en un amplio conjunto de actividades, entre las que destacan: Los órganos de la Agencia se estructuran en servicios centrales y territoriales.
[4] La Presidencia cuenta con los siguientes órganos de asesoramiento y coordinación:
Por otra parte, bajo la Dirección General, se encuentran: Los servicios centrales de la Agencia están formados, principalmente, por los siguientes Departamentos:
Existen también, con rango de Dirección Adjunta: Finalmente, se encuentra la Delegación Central de Grandes Contribuyentes, que ejerce para los obligados tributarios adscritos a la misma, las competencias y funciones propias de la Agencia para la aplicación del sistema tributario estatal y aduanero.
A lo largo de los años se han ido aumentando los servicios ofrecidos desde internet, además se han aumentado los canales de prestación como el teléfono, los SMS o la TDT.