[5]​ En 1996 perdió las competencias presupuestarias al crearse la Secretaría de Estado de Presupuestos y Gastos (SEPG), quedándose la SEH con las competencias sobre organización de tributos, catastro y haciendas territoriales, si bien se le añadió la Delegación del Gobierno en el Monopolio de Tabacos (actual Comisionado) y la AEAT estaba adscrita a la SEH.

[6]​ La división ministerial de 2000 otorgó al Ministerio de Economía las competencias sobre el mercado de tabacos que perdía la SEH y continuaba coordinando las haciendas territoriales, si bien se le añadían competencias para armonizar la normativa fiscal de la Unión Europea.

[7]​ En 2001 el Instituto de Estudios Fiscales se configuró como un organismo autónomo.

[9]​ Esta fusión se mantuvo hasta 2012, año en el que adquirió gran parte de la actual estructura y competencias,[10]​ si bien las competencias sobre financiación autonómica y local estuvieron integradas en la Secretaría de Estado de Administraciones Públicas hasta finales de 2016 cuando volvieron a la SEH.

[11]​ En 2020, perdió las funciones relativas a la regulación del juego, que pasaron al Ministerio de Consumo.