La Secretaría General se crea por primera vez a finales de 2011, cuando el Ministerio de Política Territorial y Administración Pública se suprime y sus competencias se integran en el nuevo Ministerio de Hacienda y Administraciones Públicas.
Este órgano recibió la denominación de Secretaría General de Coordinación Autonómica y Local y, en principio, poseyó como órganos directivo, la Dirección General de Coordinación de Competencias con las Comunidades Autónomas y las Entidades Locales y diversas subdirecciones generales.
[3] La Secretaría General asumía todas las competencias relativas a las relaciones económico-financiares entre el Estado y las distintas administraciones territoriales, mientras que la Dirección General asumía las relaciones institucionales, lenguas cooficiales, la gestión de algunos programas de fondos europeos, el seguimiento de las competencias legislativas y reglamentarias de dichas administraciones, así como el régimen de traspasos competenciales.
En 2020 volvió a tener una dirección general, esta vez encargada de todas las funciones económicas y presupuestarias.
De acuerdo con los Presupuestos Generales del Estado para 2023, la SGFAL participa en un único programa: