El museo fue construido con un diseño arquitectónico basado en las ideas del poeta tabasqueño Carlos Pellicer Cámara, y el guion museográfico de la arqueóloga Amalia Cardós.
[6] El museo y la sala temática, están climatizados, además se distribuyen materiales gratuitos de información sobre la ciudad maya, tanto en español como en inglés.
[2] En el museo se expone, en forma breve y práctica, la historia de Comalcalco durante la época preshispánica.
Este museo tuvo como antecedente una colección de piezas arqueológicas reunida por el profesor Rosendo Taracena y sus alumnos al iniciar el siglo XX.
Más tarde, Carlos Pellicer Cámara guardó la colección, en la que sobresalía una gran cantidad de ladrillos decorados.