Se construyó sobre los terrenos desamortizados del Convento de San Francisco en el siglo XIX.

Inicialmente se denominó "Museo Provincial de Bellas Artes".

[1]​ El museo tras una reforma cuenta con tres secciones: Arqueología, Bellas Artes y Etnografía.

De principios del siglo XX se conserva Muchacha haciendo medias de Eugenio Hermoso que llama la atención por su realismo sencillo e ingenuo.

Y destacan en la sala dedicada a este periodo, los azules del Retrato de Micaela Aramburu que pintó Ignacio Zuloaga en 1928.