Más precisamente en la manzana delimitada por las calles Hidalgo, Pino Suárez, Liceo e Independencia, frente a la Rotonda de los Jaliscienses Ilustres.

Su fachada barroca, patio central y escalera son elementos notables del museo.

[1]​ Sus orígenes en el sitio actual remontan a 1669 cuando es inaugurado el Colegio Seminario Conciliar Tridentino del Señor San José, fundado por el fray y futuro obispo Felipe Galindo Chávez.

Con la salida de Hidalgo, el recinto se convirtió en cuartel y almacén del ejército realista.

[3]​ El acervo se mejoró al poco tiempo con una colección de monedas donadas por Manuel M. Diéguez, así como con algunos billetes emitidos por los gobiernos constitucionalistas entre 1915 y 1917.

[2]​[3]​ En 1976 abre sus puertas al público con una nueva museografía, transformada por el arquitecto Gonzalo Villa Chávez, siendo conocida desde entonces como el Museo Regional de Guadalajara.

[1]​ Desde 2022 la nueva directora del museo es Blanca Alicia Martínez Cano, sucediendo a Pedro Salmerón.

Su patio principal cuenta con columnas aisladas del orden toscano que rodean su claustro.

Cuando tenía 43 años adoptó el nombre de Ixca, que en náhuatl significa alfarero.

Posteriormente, ixca gestionó ante el gobernador sustituto Manuel Bouquet, que el edificio del Liceo de Varones, que también había sido desalojado por los militares y convertido en cuartel, se destinara a museo de artes.

En 1929 estableció dentro del museo una escuela de pintura al aire libre que lograría adiestrar a numerosos pintores que destacaron después como Jesús Guerrero Galván y Raúl Anguiano, entre otros.

La planta también contiene una representación de una tumba de tiro, mostrando figuras originales que datan del México prehispánico donadas por Guadalupe Peña, quien las encontró en San Sebastián del Oeste.