Cuando en 1981 se creó el museo de Algeciras los fondos de esta Comisión Pro-Museo pasaron a formar a formar parte de él aunque tuvieron que esperar unos años para que tener una sede en la cual exponerse.
[8] Durante el año 2015 se llevó a cabo la adaptación del antiguo Hospital de la Caridad para albergar todos los fondos museísticos de la ciudad.
De este modo se procedió a adaptar el edificio eliminando las barreras arquitectónicas, se repuso su cubierta y se reordenaron sus salas para el nuevo uso mediante la financiación del proyecto NAMAE del Programa operativo de cooperación transfronteriza España-Fronteras Exteriores y del Instituto de empleo y desarrollo tecnológico de la Diputación provincial de Cádiz.
El nuevo museo posee cuatro salas expositivas en su planta baja dedicadas a la Prehistoria, Edad Antigua, loza y azulejos y etnología, además de una sala polivalente.
En la segunda planta se localizan las oficinas de administración, restauración y el almacén.