El museo está ubicado en el jirón Junín, a la altura de la plaza Bolívar.
Se encuentra en el antiguo local del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en Lima, tribunal eclesiástico con competencia en materia de delitos religiosos.
El edificio conserva algunos ambientes originales, como la Sala de Audiencias, recubierta por un artesonado mudéjar, en la que se encontraba la denominada ‘puerta del secreto’, provista de un pequeño orificio a través del cual declaraban los acusadores para mantener su identidad en el anonimato.
También se pueden apreciar las celdas de los detenidos que esperaban su proceso y los artefactos empleados para obtener sus confesiones.
Luego, fue sede del Senado Nacional hasta 1939, año en que este se trasladó al Palacio Legislativo.