Anteriormente se denominaba Museo Arqueológico de la Universidad del Cusco .

El museo cuenta con una colección de keros, tejidos, momias, herramientas, armas y orfebrerías.

Abarca en forma cronológica la historia del Cusco desde sus inicios hasta el siglo XX.

En este último año, Valcárcel funda el Instituto Arqueológico del Cusco, para continuar con las investigaciones arqueológicas, luego esta institución se fusionaría con el Museo, para establecerse en la calle Tigre, donde actualmente se encuentra la sede del rectorado de la Universidad.

Fue construida por el almirante Francisco Alderete Maldonado a inicios del siglo XVII.