Su mayor altitud es el Cerro Yucutache que se encuentra localizado al suroeste de su territorio.

La práctica totalidad del clima registrado en el municipio de Huajuapan de León es Semicálido subhúmedo con lluvias en verano y un pequeño sector ubicado al noreste en los límites con Asunción Cuyotepeji registra clima Templado subhúmedo con lluvias en verano; el rango de temperaturas registrado fluctúa entre los 16 y los 24 grados centígrados y la precipitación pluvial va de 700 a 1 000 milímetros.

La segunda carretera en importancia es la Carretera Federal 125 que une a Huajuapan de León con la ciudad poblana de Tehuacán; comunica a la cabecera municipal con poblaciones del norte oaxaqueño como Santiago Huajolotitlán y Asunción Cuyotepeji.

Debido a lo accidentado de la región, las carreteras y caminos se caracterizan por ser sumamente sinuosos.

[4]​ El Ayuntamiento se integra por el presidente municipal, dos Síndicos y un cabildo formado por trece regidores.