En primera instancia el pronóstico médico realizado por el doctor no fue nada alentador, dado que tras interrogar al general sobre su padecimiento éste le puso al tanto sobre el poco cuidado y desinterés que había tenido respecto al tratamiento de su enfermedad, por lo que tras reunirse con el doctor Mac Night, cirujano del barco de guerra norteamericano Grampus, el cual escoltó al general en la última parte de su viaje por el río Magdalena, con el fin de obtener una segunda opinión médica, se llegó a un común acuerdo sobre qué tratamiento seguir respecto a la enfermedad diagnosticada a Bolívar.

Todos debéis trabajar por el bien inestimable de la Unión: los pueblos obedeciendo al actual gobierno para libertarse de la anarquía; los ministros del santuario dirigiendo sus oraciones al cielo; y los militares empleando su espada en defender las garantías sociales.

La última semana de Bolívar se caracterizó por un constante ir y venir entre un pronóstico relativamente favorable y el menos favorable, dónde se realizaban desde salidas al aire libre por la Quinta de San Pedro para permitirle respirar aire fresco e interactuar con la naturaleza, teniendo al paciente en total lucidez y con una buena capacidad de sus facultades, hasta noches eternas en las que los diferentes síntomas de lo que su médico consideraba un catarro pulmonar crónico, desencadenante de una tisis tuberculosa, no dejaban dormir a Bolívar, lo cual sumado a la final reticencia del general para aceptar los diversos medicamentos y tratamientos propuestos por su médico, terminarían resquebrajando aún más su delicado estado de salud.

S. E. va siempre declinando, y si vuelven las fuerzas vitales a sobresalir alguna vez, es para decaerse un rato después; finalmente, es la lucha extrema de la vida con la muerte.

El vejigatorio de la nuca ha purgado bastante, pero los que se pusieron anoche en las pantorrillas han hecho muy poco efecto.

Siguen siempre las frotaciones espirituosas en los extremos, las bebidas antiespasmódicas, unturas emolientes, y lavativas.

Tras el paso de una mañana marcada por el constante desvanecimiento de los signos vitales y pasado el mediodía, el silencio del salón principal de la casa, el cual estaba ocupado por los edecanes, la cúpula militar del Ejército Patriota y los amigos más íntimos de Bolívar, se vio interrumpido por las palabras de su médico Alejandro Próspero Révérend, quien los invitó a pasar a la habitación contigua si querían presenciar los últimos momentos del héroe venezolano.

Como parte de las expresiones de duelo destacan las numerosas cartas enviadas a manera de condolencias tanto por particulares como por entes gubernamentales, a su vez diversos honores militares se realizaron en lugares cercanos, como en la Fortaleza del Morro, donde por disposición oficial se dispararon salvas de cañón cada media hora y sin distingo del momento del día, desde la llegada de los restos hasta el momento del entierro tres días después.

En un inicio sus restos no contaron con una lápida marcada, con el fin de evitar vandalismo y profanaciones.

Medios regionales como la Gaceta de Venezuela, la cual en su edición del lunes 31 de enero de 1831, cuando aún no había llegado la noticia de la muerte del General, publicó un rumor difamatorio en el cual se le atribuía a Bolívar el padecimiento de una penosa enfermedad, lo cual generó una corriente informativa en contra de Bolívar por parte de los medios fieles a personajes adversos a la figura del General y que tuvieron que rectificar una vez se hizo pública la carta que el general Rafael Urdaneta escribió al general José Antonio Páez donde le narraba lo sucedido en Santa Marta.

Inmediatamente fue conocida la noticia de su deceso se dio inicio a la organización de los honores protocolarios que exigía la ordenanza y pese a no contar con los suficientes recursos económicos para su correcta y completa realización, se llevaron a cabo en la mayor y más justa medida de las posibilidades.