Su presidencia es recordada como la primera ejercida por un civil y un opositor al gobierno precedente.

[1]​ Al terminar sus estudios médicos se trasladó a Cumaná, donde vivió hasta 1812; lapso en el que se incorporó al Supremo Poder Legislativo de Cumaná (1811) en el contexto del movimiento independentista venezolano.

Asimismo, en esta época fue incorporado en Londres como miembro del Real Colegio de Cirujanos.

Retorna a Venezuela en 1825, dos años después funda la Sociedad Médica de Caracas.

Así, en el año 1827, Vargas inicia una Universidad nueva, implementando sus conocimientos de los grandes centros europeos en los cuales estudió.

Abre la Facultad de Medicina en dicha Universidad, enseñando anatomía, botánica, mineralogía y química (ramas que hasta ese entonces eran desconocidos dentro la sociedad venezolana); trayendo, consigo, las ramas de las ciencias modernas al país.

En 1827 fundó la Sociedad Médica de Caracas, con la cual se comenzaron a practicar reuniones científicas en el país.

Durante este período desarrolló además una amplia labor de investigación en el área botánica, que le llevó a establecer relaciones con hombres notables de esta ciencia en el mundo entero.

En 1829, al ser fundada en Caracas la Sociedad Económica de Amigos del País, Vargas fue designado su primer director.

Por otra parte, simultáneamente con sus actividades científicas y educativas, Vargas tomó parte en las actividades políticas, asistiendo al Congreso Constituyente de 1830, donde desplegó una gran actividad en las comisiones de trabajo, en las sesiones plenarias y en muchas oportunidades salvó su voto al estar en desacuerdo con algunos planteamientos del Libertador, lo que no obstante, no le impidió ser nombrado ese mismo año como albacea testamentario de Bolívar.

[5]​ Después de su experiencia como primer magistrado, se dedicó exclusivamente a la educación.