[2]​ En el 409 a. C., cuando el general Aníbal Magón desembarcó en Sicilia dejó su flota en Motia mientras avanzaba por tierra para atacar Selinunte.

La resistencia fue épica; después de ganar las murallas y las torres, los habitantes resistieron calle a calle, casa por casa; los que sobrevivieron y no pudieron escapar, fueron ejecutados por Dionisio como castigo.

[4]​ En el 396 a. C. desembarcó en Panormo (actual Palermo) el general cartaginés Himilcón y reconquistó la ciudad, donde no encontró casi resistencia.

La isla, donde antiguamente estaba la ciudad, se llama en la actualidad San Pantaleón (desde el siglo XI, topónimo al que cambiaron los monjes basilianos).

Se pueden ver algunas ruinas, fragmentos de las murallas y dos puertas, calzadas, así como el cothon (instalación portuaria).