Fueron sin embargo los musulmanes quienes construyeron una fortificación con imponentes parapetos defensivos, algunos de los cuales se pueden observar aún hoy en día.

Con el paso del tiempo, se fue constituyendo un intrincado conjunto de dependencias, en las que residían los miembros de la orden, que se unieron a la fortaleza y a la iglesia construida tras la conquista cristiana.

No así con las murallas, que aún se conservan, una tapia protege la antigua huerta, regada con las aguas del río Bedija, le sigue la muralla, que tiene una parte restaurada (al sur) y el resto en muy mal estado, deja aún entrever su disposición en forma de dientes de sierra.

Los gobernadores eclesiásticos administraron el antiguo priorato desde la muerte del último Obispo-Prior en 1844 hasta la disolución de las Órdenes Militares en 1873.

[7]​ Fueron enterrados en una zona externa al monasterio, conocida como «La Tahona» (sus restos se encuentran ahora en el cementerio municipal).

[9]​ Fruto del largo período durante el cual se ejecutaron las obras, pueden apreciarse en el monasterio tres estilos arquitectónicos: plateresco, herreriano y churrigueresco, lo que le convierte en un lugar ideal para realizar un repaso de historia del arte.

La iglesia, que ocupa el ala norte, y fue finalizada en 1602, es de estilo herreriano.

Este estilo se denomina así porque su decoración imita las filigranas que los orfebres realizaban sobre la plata.

El crucero es más alto y se cierra en forma de linterna.

Entre la sacristía y la iglesia se halla la entrada a la cripta, que tiene forma de cruz latina.

Hoy está destinada a teatro y no quedan restos de enterramientos.

Hoy no se sabe exactamente dónde reposan todos estos restos.

En la portada aparecen dispuestas cuatro pilastras, sin sujeción arquitectónica, que actúan como elementos decorativos.

En la parte superior se hallan delfines, leones, cabezas, guerreros, trofeos, frutas y dos cruces de Santiago.

En la parte inferior figura la inscripción Caput Ordinis («Cabeza de la orden»), cruces sueltas, corona real, caballeros con trofeos y moros encadenados, exponente del dominio que se tenía sobre ellos y de la esclavitud a la que los redujeron.

En el monasterio actual hay varios restos de la antigua fortaleza: