Inmueble que contó con unas dimensiones sensiblemente inferiores a las del edificio precedente.
La mayor parte de los valiosos restos arqueológicos que guarda el conjunto patrimonial actual son del Alcázar Menor, puesto que el monasterio de las clarisas se edificó utilizando la estructura del antiguo Al-Qasr al-Sagir.
Las posesiones de la familia real musulmana se completaban con el Alcázar Mayor, la residencia oficial del monarca que se encontraba en la zona sur de la ciudad amurallada, ribereño al río Segura.
En esta época, la finca palatina, que incluía no sólo el palacio sino otras construcciones, baños, huertos y jardines, fue subdividida y entregada a diversos beneficiarios, entre ellos el propio rey de Castilla y su familia, surgiendo el Real de la Reina o la finca del infante Don Fernando entre otros.
En 1367 las monjas obtuvieron permiso del obispo Nicolás de Aguilar para acondicionar las estancias (en aquel tiempo ya semi-ruinosas) en convento.
Durante la Guerra Civil se vivió la exclaustración del inmueble y su conversión en cuartel de tropas.
A ello se añade una gran alberca central, claro precedente de los palacios nazaríes.
Hasta ahora es el único palacio con este diseño conocido en todo el territorio peninsular, diseño que más tarde vuelve a aparecer en el Palacio Al-Badí (Marraquech) ya en el siglo XVII.
Las pinturas que decoran la bóveda y sus nervaduras, probablemente de principios de siglo XVI, conservan elementos góticos, representando al ejército espiritual luchando contra las tinieblas con espectaculares dragones con ojos y fauces abiertas.
También son reseñables en la colección otras piezas y ajuares islámicos de carácter suntuoso.
A estas salas se asoman algunas obras de arte promovidas por el mecenazgo cenobial.
Destaca principalmente el original retablo-templete o tabernáculo que preside la iglesia, de clara inspiración italiana donde las esculturas se liberan del frontalismo que un retablo adosado les habría impuesto, obra de José Ganga Ripoll y Francisco Salzillo (1755), autores igualmente del retablo mayor del cercano Convento de Santa Ana.