En 1180, al morir Joan d'Organyà, se fusionaron ambas comunidades.

En el año 1195 estuvo bajo la protección del rey Alfonso II de Aragón, que le honró diversos privilegios y donaciones.

Durante un tiempo, el monasterio era dónde los novicios a Hermanos Maristas recibían formación.

La iglesia de Belpuig empezó a reconstruirse en el siglo XIV en estilo gótico.

La portalada de entrada se encuentra en el brazo norte del crucero.

Aparecen los escudos de los condes de Urgel y del monasterio, así como un escudo que se cree corresponde al del abad.

Es de planta rectangular, las galerías del norte y del sur (las más cortas) están divididas en dos tramos por un pilar central y con cuatro arcos de medio punto, a cada lado, sostenidos por dobles columnas, las galerías más largas están divididas en tres tramos por dos pilares, en el tramo central se encuentran cinco arcos de medio punto y en los laterales tres arcos, todos ellos sostenidos también por pares de columnas.