Pidal y Mon le respondió con un discurso en el que afirmó que la libertad de cátedra se debía ejercer «dentro de las leyes y la órbita que señala a la enseñanza la Constitución de la monarquía católica y constitucional».[13] La reacción de la jerarquía católica más ultramontana al discurso de Morayta fue inmediata y varios obispos publicaron pastorales condenando el liberalismo, la masonería y las escuelas laicas.[14] Morayta se inició en masonería en la Logia Mantuana de Madrid.Ocupó el máximo cargo de 1889 a 1901, y más adelante desde 1906 hasta su fallecimiento en 1917.[15] Falleció en su ciudad natal en 1917[1] y fue enterrado en el cementerio civil de Madrid.
