Habita en ambientes acuáticos subtropicales del centro-oeste de Sudamérica.
Esta especie fue descrita originalmente en el año 2016 por los ictiólogos Guillermo Enrique Terán, Lucas Ribeiro Jarduli, Felipe Alonso, Juan Marcos Mirande y Oscar Akio Shibatta.
[1] Etimológicamente el epíteto específico nigrolineatus se construye con palabras en latín, en donde: nigro significa 'negro' u ‘oscuro’ y lineatus es 'raya' o ‘línea’,[2] en alusión a una característica diagnóstica en la coloración de esta especie.
[1] De las restantes especies del género Microglanis, M. nigrolineatus es distinguible gracias a su exclusivo patrón cromático; en él destaca especialmente una fina línea longitudinal oscura ubicada en el cuerpo medialmente —la cual atraviesa una amplia área ocre-amarillenta— concluyendo en una mancha negra que cubre a lo alto el pedúnculo caudal.
[1] Morfológicamente, su espina pectoral se distingue al poseer ganchos —presentes en el margen anterior— de escasa longitud, comparándolos con los de otras especies del género.