Habita en ambientes acuáticos tropicales del centro de Sudamérica.
Esta especie fue descrita originalmente en el año 2016 por el ictiólogo Oscar Akio Shibatta.
[1] La localidad tipo referida es: “río Betione (en las coordenadas: 20°25′25″S 56°23′57″O / -20.42361, -56.39917) cuenca superior del río Paraguay, municipio de Miranda, estado de Mato Grosso del Sur, Brasil”.
[1] Etimológicamente el término genérico Microglanis se construye con palabras en idioma griego, en donde mikros significa 'pequeño' y glanis identifica a un siluriforme que puede comer el cebo sin tocar el anzuelo.
Su exclusivo hábitat son pequeños arroyos de aguas cálidas de la cuenca del alto río Paraguay (donde es rara),[1] curso fluvial perteneciente a la subcuenca del río Paraná, el que a su vez forma parte de la cuenca del Plata.