Hijo único del pintor surrealista Edgar Ende y de Luise Bartholomä, una fisioterapeuta.
Su infancia estuvo marcada por el ambiente artístico y bohemio en que se movía su padre.
Tiempo después, su familia se mudó a una zona de artistas en Múnich,[3] lo cual sería una gran influencia para Ende más tarde.
Ha conseguido fama universal con libros como Momo (1973) y La historia interminable (1979), ambas llevadas al cine.
Esta obra fue llevada al cine en tres ocasiones, la primera vez en 1984, modificando muchos aspectos del libro, por lo que Ende manifestó su descontentó.