Estudió en el Real Colegio de San Carlos e ingresó en 1796 en la Academia Naval del Ferrol, España, egresando como guardiamarina en 1800.

Martín Thompson perteneció al grupo patriota integrado entre otros por Nicolás Rodríguez Peña y Juan José Castelli, y como miembro del cabildo abierto apoyó a la Revolución de Mayo.

Fue allí donde se ejecutó el Himno Nacional Argentino por primera vez, el 25 de mayo de 1813, acontecimiento en el que estuvieron presentes entre otros, San Martín, Alvear, Fray Cayetano José Rodríguez, Blas Parera, Balcarce y Vicente López y Planes.

A cambio, ofrecía retribuirlos con grandes ventajas en favor del comercio de aquel país.

El presidente estadounidense Madison se encontraba entonces de vacaciones por lo que no pudo presentarle sus credenciales.

[1]​ Al tomarse conocimiento de las iniciativas del enviado, ambos gobiernos reaccionaron desfavorablemente, poniéndose fin a la misión.