En 1962 obtuvo una beca para estudiar en Francia bajo la tutela de Louis Althusser, durante la cual abandonó totalmente sus orígenes religiosos en favor del socialismo científico.

Con la formación de la Unidad Popular ingresó al Partido Socialista.

[cita requerida] Fue directora del centro de investigaciones Memoria Popular Latinoamericana de La Habana[5]​ y del Centro Internacional Miranda en Caracas.

Posteriormente se casó con el economista marxista Michael Lebowitz, residiendo en Canadá.

Harnecker dividió su tiempo entre este país, La Habana, donde vive su hija, y Caracas, donde oficialmente seguía habitando y donde recibió el “Premio Libertador al Pensamiento Crítico” el 15 de agosto de 2014.