[3]​ El hecho de que la sonda llevara plutonio a bordo causó cierta preocupación por posible contaminación radiactiva.

[5]​ Los preparativos comenzaron en 1989 y se convirtió en una de las prioridades del programa espacial soviético.

Los diseñadores confiaban en haber corregido los errores que llevaron a la pérdida de ambas Fobos.

Sin embargo, la fuerte crisis económica que sacudió la ex Unión Soviética, ya Rusia, provocó severos retrasos; el lanzamiento, previsto inicialmente para 1992, tuvo que posponerse a 1994 (de hecho el nombre original de la misión era Mars 94).

Además del liderazgo ruso, en el instrumental científico colaboraron múltiples naciones: Alemania, Austria, Bélgica, Bulgaria, la República Checa, Eslovaquia, España, Estados Unidos, Finlandia, Francia, Gran Bretaña, Grecia, Hungría, Irlanda, Italia, Noruega, Polonia, Rumanía, Suecia, Suiza y Ucrania.

El orbitador podía comunicarse con los penetradores durante periodos 5 o 6 minutos cada 7 días, tras lo cual retransmitiría los datos a tierra.

Normalmente los soviéticos hubieran llevado hasta allí un buque de seguimiento para comprobar que todo estaba en orden o, en caso preciso, dar nuevas instrucciones.

Sin embargo, conforme los minutos pasaban, en Yevpatoriya se percataron de que la sonda no seguía la órbita prevista y que, en su lugar, se encontraba atrapada en órbita terrestre baja.

Debido a la presencia de plutonio en la misión, se extendió la alarma y el primer ministro australiano llegó a hablar personalmente con Bill Clinton ante el temor de que la sonda cayera en su país.

La Mars 96 había reentrado en la atmósfera terrestre cuatro horas después del despegue, en algún lugar situado entre el Pacífico Oriental, Suramérica y el Atlántico Sur, sin que pudieran precisar más.

[6]​ Gracias a los nuevos datos proporcionados por los rusos, los estadounidenses reexaminaron los suyos y encontraron el rastro que había dejado la reentrada de la Mars 96 en sus satélites espía.

Por su parte, Estados Unidos tampoco ofreció ayuda ni envió ningún equipo en busca de posibles fugas radiactivas.

El fiasco y la crisis económica hicieron que Rusia no intentara enviar ninguna otra sonda espacial.

[10]​ Hasta el momento no se han detectado consecuencias perjudiciales por el plutonio caído.

No obstante la Mars 96 sería presentada como antecedente por los grupos ecologistas para protestar contra otros programas que utilizaban energía nuclear, como las sondas Cassini-Huygens y New Horizons y el Programa Prometeo.

Contaba con participación europea, parte de la cual sería posteriormente empleada en la Mars Express.

Una vez acabada la reentrada, la sonda se dejaba caer hasta su impacto contra la superficie a unos 80 m/s (±20) (entre 220 y 360 km/h).

La sonda estaba estabilizada en los tres ejes y tenía dos plataformas para el instrumental científico.