Fue a la Ciudad de México en diciembre, llevando amplias certificaciones sobre su conducta observada en al Nueva Vizcaya y se vindicó; pero no logró su reposición y quedó en disponibilidad.
Esta proclamación no tuvo efecto porque doce días antes el Congreso general había autorizado la separación definitiva de ellas.
En junio de 1825 fue igualmente aprehendido Urrea y enviado a México con una escolta, pesando sobre él los siguientes cargos: haberse negado a entregar el mando el 24 de diciembre anterior en que se había presentado el sustituto; las manifestaciones hostiles de los oficiales que le estaban subordinados para que no se le removiera, dirigidas y toleradas por él mismo; que había pretendido proclamarse "rey de Sonora" con absoluta independencia del Gobierno Nacional y que había provocado una gran reunión de indios en el pueblo de Sinoquipe con los mismos fines citados.
Alegó después que la presencia de éstos en el precitado pueblo había tenido el objeto aquietarlos porque estaban alborotados y volverlos a sus lugares de residencia.
Permaneció largos años en Guayaquil, Ecuador, inútilmente gestionó su reingreso al Ejército Nacional y el pago de los sueldos atrasados que se le adeudaban como gobernador de Colotlán y murió en 1852.