Finalmente La Iglesia Católica no pudo nombrar a Escalada y el obispo de Buenos Aires fue Medrano.
Los conflictos en torno al año 1840 lo llevaron a ser considerado como opositor al gobernador Juan Manuel de Rosas, por lo que vivió prácticamente incomunicado y privado de ejercer su ministerio episcopal públicamente hasta la caída del gobernador.
Posteriormente estableció el Seminario Conciliar confiando la formación a la Compañía de Jesús.
Reorganizó muchos curatos existentes y erigió nuevas parroquias, entre ellas las de Nuestra Señora del Carmen en la isla Martín García y la Inmaculada Concepción en el pueblo de Belgrano.
Dependían del nuevo arzobispado las diócesis argentinas de Córdoba, Salta, San Juan Cuyo, Paraná (que abarcaba toda la Mesopotamia) y la diócesis de Asunción del Paraguay.
Sus restos, repatriados al siguiente año, fueron sepultados en la Iglesia "Regina Martyrum" del barrio de Congreso.