Vivió su infancia en Chile y también en Argentina, donde su padre, Sócrates Aguirre ―capitán de ejército en retiro―, trabajaba como cónsul.

Desde allí mantuvo correspondencia con la familia Aguirre-Flores y en especial con Margarita, a quien le enviaba cartas ilustradas con dibujos cómicos.

[5]​ En 1940, después del final de la Guerra civil española, Neruda regresó a Chile y restableció su contacto con los Aguirre, que vivían en Santa Beatriz.

En 1945, Aguirre trabajó ―junto con José Miguel Varas, que más tarde también se convertiría en escritor― como locutora («espíquer») en la radio El Mercurio, perteneciente al Arzobispado de Santiago, que dedicaba largos espacios de su programación a la música sinfónica europea.

En 1954, Neruda le presentó al abogado Rodolfo Aráoz Alfaro, quien se convertiría en esposo de Aguirre.

[6]​ «Al poeta le gustaba casar a sus amigos», contaba Margarita Aguirre: ella fue una de las víctimas del celestineo nerudiano.

«Nos contamos nuestras vidas por carta y nos fuimos enamorando, a tal punto que decidimos casarnos».

[9]​ Margarita Aguirre alcanzó cierto renombre literario cuando publicó Cuaderno de una muchacha muda (1951) y El huésped (1958).

En 1972, Margarita Aguirre tuvo a su cargo las Obras completas de Neruda, publicadas ese año por la empresa Losada (de Buenos Aires), y también recopiló y catalogó el epistolario del autor chileno con el poeta argentino Héctor Eandi.

[1]​ Fue sepultada en el cementerio de El Totoral, un pequeño camposanto construido junto a una iglesia del siglo XIX situada a poca distancia de Isla Negra, la localidad en la que vivió Neruda y en la que está enterrado junto con su compañera Matilde Urrutia.

[5]​[12]​ Según Guillermo García Corales, en su ensayo sobre El huésped, Margarita Aguirre es precursora, por la desolación y el nihilismo de sus personajes, de autores varias décadas posteriores como Gonzalo Contreras, Diamela Eltit y Ramón Díaz Eterovic.