Fue considerada por el emperador Francisco José I de Austria como una novia adecuada a su único hijo y heredero, Rodolfo, el príncipe heredero de Austria, pero no se gustaron, y ella permanecería soltera los años venideros.
Fue titulada desde su nacimiento como infanta de Portugal.
En el momento de su nacimiento, su padre había sido exiliado, y la familia vivía en calidad de invitados en el Imperio austrohúngaro.
A pesar de las circunstancias difíciles, todas las hijas de Miguel hicieron buenos matrimonios, algunos con monarcas reinantes y depuestos.
María Ana murió en el exilio en Nueva York, el 31 de junio de 1942, ya que la familia había huido por la Segunda Guerra Mundial.