Fue enviado al cantón de Xalapa, lugar en donde entabló amistad con Mariano Michelena e Ignacio Allende.

Una vez que fue disuelto el cantón, regresó al cuartel de las Ánimas en Valladolid.

Organizó un nuevo ejército el cual dispuso a las órdenes de José Antonio Torres e Ignacio López Rayón.

De regreso en Tacámbaro se dedicó a fundir cañones, y por tercera ocasión, en enero de 1813 intentó un nuevo e infructuoso ataque a Valladolid, esta vez con la ayuda del padre Navarrete.

[3]​ Esta derrota provocó el rompimiento entre los miembros de la Junta de Zitácuaro, Sixto Verduzco y José María Liceaga declararon traidor a Ignacio López Rayón, éste por su parte ordenó a Muñiz aprehenderlos.

Ambos intercambiaron opiniones para tomar la plaza de Valladolid, lugar en donde los insurgentes deseaban instalar al nuevo Congreso.

En noviembre Muñiz comenzó los preparativos de la expedición reuniendo armas y destacamentos en Tiripetío.

En 1817, cuando Xavier Mina realizó su campaña con el Ejército Auxiliador de la República Mexicana, Manuel Muñiz fue llamado por los realistas para combatirlo, en lugar de atender el llamado volvió a tomar las armas con el bando insurgente.