El inicio de la guerra civil española (1936-1939) le sorprende en un viaje familiar por Noruega y decide regresar a España para cumplir con sus obligaciones militares.
Sanjuán ejerce por primera vez como director en la película Arte egipcio producida también por Hermic Films, en 1943.
[8] El equipo desplazado a Guinea estaba formado por el director, Manuel Hernández Sanjuán; el cámara, Segismundo Pérez de Pedro (Segis); el montador, Luis Torreblanca; y el guionista y narrador, Santos Núñez.
La aventura por la Guinea Española dura dos años, en donde la mayor parte del tiempo la pasan recorriendo todo el país.
En 1950 se casa con su novia Doña María Asunción March Martínez-Gil, con la que tiene tres hijos: Carlos, Juan y África.
[10] En 1962 debuta como operador en el terreno del largometraje con la película Horizontes de Luz, dirigida por León Klimovsky.
La última película en la que participa es Dejadme vivir de José Luis Merino en 1982.
Cazadores de imágenes en la Guinea colonial,[11] un libro fotográfico que incluye un DVD con cinco películas documentales que rescatan del olvido la expedición cinematográfica de Manuel Hernández Sanjuán a la Guinea Española.
La película, que utiliza parte del material audiovisual producido por la expedición, se desarrolla en un universo propio con dos narraciones paralelas que nos muestran las paradojas, encuentros y desencuentros del cineasta español, Manuel Hernández Sanjuán, y su porteador africano.
La película ha sido seleccionada en la 63.ª edición del Festival de Cine de San Sebastián, en la sección Zabaltegui,[12] y está nominada en los VIII Premis Gaudí como mejor película documental.
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