El Alto Comisario era el cargo a la cabeza de este organismo y a su vez constituía la máxima autoridad española del Protectorado.
[3] De hecho, se reforzó su posición del alto comisario frente al resto de cargos inferiores o subordinados a su autoridad y la coordinación entre el alto comisario y el comandante en jefe de las fuerzas militares.
[6] Hubo un total de 24 altos comisarios en las más de cuatro décadas que existió el Protectorado, siendo en su inmensa mayoría militares, aunque también hubo algunos civiles nombrados a tal efecto: Miguel Villanueva y Luis Silvela (1923), Luciano López Ferrer (1931), Juan Moles (1933; 1936) y Manuel Rico Avello (1934).
Hasta octubre no se cubrió el puesto, cuando los sublevados nombraran oficialmente al general Luis Orgaz Yoldi.
El alto comisario estaba asistido por diversos departamentos (Asuntos Indígenas, Fomento y Hacienda).