Se quiso incluir a Piérola en el gabinete como ministro de Hacienda, pero éste rechazó el ofrecimiento.

Después de las derrotas peruanas en San Juan y Miraflores (enero de 1881), La Cotera, que se encontraba bajo arresto, burló a sus guardianes y se lanzó a las calles intentando reorganizar a los desbandadas tropas peruanas, pero al no lograr su objetivo y al correr en peligro su propia vida, se asiló en la legación británica.

Cuando García Calderón fue apresado y confinado en Chile, La Cotera protestó enérgicamente, por lo que también fue enviado al exilio.

Gobernaba entonces el general Miguel Iglesias, personaje que no gozaba de popularidad por haber firmado la paz con Chile y contra quien La Cotera conspiró.

Volvió al Perú por Tumbes con otros sublevados y logró más adhesiones, pero fue derrotado en Cerro Blanco el 24 de junio de 1884, por las fuerzas gobiernistas al mando del coronel Genaro Carrasco venidas desde Lima.

Al poco tiempo regresó para unirse a Eloy Castro y Eduardo Merino, sublevados contra Iglesias.

Pero cayó gravemente enfermo y se refugió en la hacienda Monte de los Padres, en donde fue capturado por Laureano Ramírez.