Gaona contribuyó al desarrollo del derecho constitucional en Colombia por sus sentencias como Juez y Magistrado de la Corte Suprema de Justicia y Presidente de la Sala Constitucional, así como por sus contribuciones académicas como profesor titular y visitante en varias universidades de Colombia y América Latina.

Manuel Gaona Cruz fue el autor del control constitucional tipo integral en Latinoamérica[3]​[4]​[5]​ en contraposición a los controles constitucionales clásicos del modelo Americano descentralizado (judicial review) y el modelo europeo concentrado (Normancontroller o constitutional review).

El magistrado Gaona fue conocido por sus decisiones relacionadas con limitaciones al poder de policía, control constitucional a las fuerzas armadas, la libertad de prensa, la separación de poderes, la autonomía del Juez e inmutabilidad constitucional de la Suprema Corte, entre muchos otros trabajos, escritos y sentencias.

Como magistrado ponente de la Sala Constitucional, Gaona enfrentó a los carteles de narcotraficantes en Colombia, especialmente debido a su posición sobre la constitucionalidad del Tratado de Extradición entre Colombia y los Estados Unidos, de quien muchos consideran el cerebro de su interpretación jurídica, lo que lo enfrentó al capo Pablo Escobar, jefe del Cartel de Medellín.

Manuel Gaona Cruz fue asesinado el 7 de noviembre de 1985 durante la toma del Palacio de Justicia perpetrada por el M19[6]​Según los informes, lo mató un guerrillero del M-19 que le disparó en al cabeza.