Vinculado a Luis Batlle Berres, este lo llevó al diario Acción, de la Lista 15, y allí se convirtió en redactor político, alcanzando más tarde la subdirección.
En las elecciones de 1954 fue elegido diputado, alcanzando la reelección en su banca en los dos comicios subsiguientes (1958 y 1962).
Opositor al gobierno de Pacheco desde el Senado, al que retornó tras dejar el gabinete; sin embargo, mantuvo un diálogo correcto con Pacheco, quien llegó a ofrecerle la candidatura a la Presidencia, que Flores Mora rechazó.
Ninguna de ambas fórmulas obtuvo una votación elevada, y Flores Mora perdió su escaño parlamentario.
En dicho parlamento, su hijo Manuel Flores Silva ocupó una banca senatorial.