En 1680 fue promovido para el arzobispado de México pero en una carta anunciaba que "por amor a sus ovejas" no aceptaba el cargo.

[3]​ Fernández de Santa Cruz terminó las obras que significan hoy la expresión máxima del barroco en Puebla: la capilla del Rosario, consagrada en 1690, el templo de Santa María Tonantzintla y el de San Francisco Acatepec.

Continuo apoyando decididamente a los colegios tridentinos fundados por el obispo Palafox creando uno para los niños del coro de la Catedral.

Incrementó el acervo en libros de la Biblioteca Palafoxiana, dio un impulso al Real Hospital de San Pedro, que se encontraba en descuido realizando obras de gran envergadura dándole su fisonomía actual, dotó a su iglesia de salas y bóvedas y construyó habitaciones para el capellán y el Rector.

[4]​ A decir de Octavio Paz, Fernández de Santa Cruz tuvo dos pasiones: la Teología y las Monjas, y antes que las materiales fueron sus primeras obras las dirigidas a estos rubros.