[2]​ En 1646, el obispo Palafox donó su biblioteca personal, compuesta de cinco mil volúmenes, al Seminario de San Juan pero instruyó que además del clero podía ser consultada por todos aquellos que quisieran estudiar, pues su principal condición fue que estuviera abierta al público y no solo a eclesiásticos y seminaristas.

El acervo donado por Mendoza estaba constituido por obras de los más diversos temas, que reflejan su espíritu universalista, forjado gracias a sus estudios en diversas universidades como la de Huesca, Alcalá y Salamanca.

Así entonces pueden encontrarse a autores como Séneca y Santa Teresa.

Sin embargo, el fondo es mayor, ya que se debe tener en cuenta el extenso número de impresos sueltos y encuadernados que versan sobre los temas más heterogéneos.

También se aprecian las marcas de fuego o los exlibris de la persona que los poseía, las anotaciones al margen, incluso si el interior está tachado por el censor.

Entre estas se encuentran "Libros Prohibidos, censura y expurgo", "Navegación, el arte de explorar el mundo", "Parentesco, libros, lazos e historia", "Los misterios del cuerpo" y "Las Otras Letras, mujeres impresoras en la Biblioteca Palafoxiana".

Junto con esto, desde 2007 se impulsa un ambicioso programa editorial que se vio cristalizado en el libro Biblioteca Palafoxiana, de lo sagrado a lo profano, publicación que muestra la esencia de la biblioteca y que a través de los 38 grabados que se reprodujeron permite visualizar una breve muestra del rico espectro temático del fondo.