El nuevo presidente de México Guadalupe Victoria no aceptó su renuncia y, teniendo en cuenta que la misión en Roma presentaba muchos obstáculos, se limitó, por lo pronto, a pedir se cubriesen las sedes vacantes de los Obispados, que era lo que más urgía, y con lo cual indirectamente se reconocería la Independencia nacional.

Después de largas y tenaces negociaciones llevadas a cabo durante los pontificados de Pio VII y Gregorio XVI, logró que fuesen atendidas las peticiones del Gobierno de México y en consecuencia fueron nombrados Obispos de las Diócesis vacantes, -y no meros Vicarios Apostólicos como pretendía al principio la Santa Sede- los señores Gordoa, Portugal, García Guillen, Zubiría, Belaunzarán y el mismo Vázquez.

Cumplida su misión regresó a México con su comitiva y acompañado del artista poblano José Manzo.

El liberalismo hizo que abandonara su grey pero al regreso fundó un correccional para mujeres y llamó a las Hermanas de la Caridad para que atendiesen los hospitales y auxilió al Hospicio de Pobres.

[2]​ Agregó el tercer nivel de estantería de cedro a la Biblioteca Palafoxiana respetando el estilo original establecido por el obispo Francisco Fabián y Fuero y más tarde se incorporó a ella su biblioteca personal.