Se distingue entonces como político liberal, ocupando la presidencia de las Cortes en tres ocasiones.[1][3] En estas circunstancias, conoce la promulgación del Plan de Iguala, donde el general realista Agustín de Iturbide se pronuncia contra el gobierno virreinal y crea el Imperio Mexicano, garantizaba defender como única religión verdadera a la cristiana de rito católica, apostólica y romana y la ciudadanía universal de todos los grupos sociales.[1] Posteriormente, se traslada junto al virrey Juan O'Donojú a la Ciudad de México, hospedándose en el Palacio del ex Arzobispado en Tacubaya bajo la protección del Ejército Trigarante, entra junto al virrey a la ciudad y logra la evacuación pacífica de las fuerzas españolas, por lo que forma parte de la comitiva oficial que recibe en la puerta del hoy Palacio Nacional al general Agustín de Iturbide, para luego ser el primer firmante del Acta de Independencia del Imperio Mexicano.[1] Tras la independencia, se involucra en la política local y nacional, donde por medio de Francisco Pablo Vásquez y Sánchez Bizcaíno se involucra en las actividades diplomáticas para obtener el reconocimiento de la independencia por la Santa Sede y el necesario nombramiento de nuevos obispos y arzobispo para México.José Antonio Joaquín Pérez Martínez y Robles
