El show fue conducido por el actor Jack Black y se realizó en el Radio City Music Hall en Nueva York.
Los MTV Video Music Awards 2006 marcaron como precedente en que los espectadores pudieran votar para nominar a los artistas en cada categoría.
Como en los años anteriores las categorías artísticas fueron escogidas por los profesionales de la industria de la música.
La Premiación del 2006 también descontinuo la categoría Video Revelación.
Shakira y Red Hot Chili Peppers recibieron la mayor cantidad de nominaciones, con siete cada uno.