Su canción Hips Don't Lie (2006) junto a la cantante colombiana Shakira logró llegar a la cima del Billboard Hot 100, convirtiéndolo en el primer artista de origen haitiano en dominar dicho listado.
The Fugees firmó por Ruffhouse Records y grabaron su álbum debut, Blunted on Reality, que no tuvo demasiado éxito.
Jean ha trabajado con artistas como Shakira, Santana, Eric Clapton, Stevie Wonder, Celia Cruz, Tevin Campbell, Stephen Marley, Cypress Hill, Bounty Killer, Whitney Houston, Destiny's Child, Sublime, Simply Red, Mya, Sinéad O'Connor, Flo Rida, Kimberly Scott, Queen, Pitbull, Nicki Minaj, Mick Jagger, Farina, Canibus, The Black Eyed Peas, Eric Benét, Serj Tankian, Tarkan, Calle Angosta y el grupo Aventura.
En 2003, Wyclef produjo el primer sencillo del rapero de ascendencia china Jin, titulado Learn Chinese, y en 2004 grabó el tema "Dance Like This" junto a Claudette Ortiz para la banda sonora de la película Dirty Dancing: Havana Nights.
En 2004, publicó su quinto álbum, titulado Sak Pasé Presents: Creole 101 (Welcome to Haiti) (editado en Estados Unidos por Koch Records).
En 2007 colabora con el italiano Eros Ramazzotti en la reedición de la canción "La Aurora" perteneciente al álbum "E2".
En su última producción colabora con Melissa Jiménez en una canción de homenaje a la Reina del Tex Mex Selena.