Sin embargo, poco después surgieron problemas en el grupo, y se separaron en 1994 tras una discusión en directo en un capítulo de Yo!

Su segundo disco, When Disaster Strikes, publicado en 1997, contenía los sencillos "Put Your Hands Where My Eyes Could See" y "Dangerous".

En el mismo año lanzó The Imperial como parte del Flipmode Squad, un proyecto colaborativo con los raperos Rampage, Lord Have Mercy, Spliff Star, Rah Digga y Baby Sham.

La fascinación de Rhymes con el cine se refleja en Extinction Level Event (The Final World Front), lanzado en 1998.

El 26 de noviembre del 2002, Busta Rhymes lanzó su sexto álbum: It Ain't Safe No More.

Busta ha aparecido en algunas películas, incluyendo Higher Learning, Full Clip, Descubriendo a Forrester, Halloween: Resurrección y la versión de Shaft realizada en el 2000, entre otros.

En 2023 se vio envuelto en un escándalo viral; esto después de haber sido acosado en un aeropuerto; una mujer le tocó el trasero, lo que generó una agresión violenta por parte del rapero,[5]​