Más tarde fue nombrado legado papal en Aviñón y comendador de la Orden del Espíritu Santo por Enrique III de Francia.

Luis II tomó parte activamente en las guerras de religión en el bando de la Santa Liga al lado de su hermano Enrique I de Guisa, lo que provocó la hostilidad de Enrique III.

Fue asesinado por orden del rey Enrique III, en el castillo de Blois, por un guardaespaldas del rey apodado el «Cuarenta y cinco», el 24 de diciembre de 1588, un día después del asesinato de su hermano, Enrique I de Guisa, muerto en el mismo lugar.

Enrique III justificó su acto pretextando que los Guisa constituían una amenaza para la Corona, por la supuesta pretensión de Enrique a dicha corona.

Enterado el papa Sixto V, que desaprobaba el acto, excomulgó al rey de Francia el 5 de mayo de 1589.