[6] Durante su pontificado la vida y desarrollo de la ciudad estuvo condicionada por un posible ataque enemigo a causa de los conflictos de España con los Países Bajos y la Corona inglesa, y participó en los preparativos de defensa ante la fallida expedición naval del conde Essex.
[5] Otaduy consiguió mantener buenas relaciones con el capítulo catedralicio, para lo que se celebraron varias concordias entre el obispo y los representados capitulares donde se trataron temas relacionados con el nombramientos de cargos como los arciprestes y la pertenencia de algunos beneficios, entre otros aspectos.
[6] Además, también hizo dotaciones para la mejora de la catedral[5] y mandó erigir un seminario conciliar dedicado a san Lorenzo, por la devoción que dispensaba al santo de su nombre.
[6] En 1598 fue propuesto para ocupar la sede episcopal de Ávila,[7] en la que comenzó su mandato el año siguiente.
[12] También prohibió que el abad de los canónigos regulares norbertinos en Ávila actuara con una autoridad casi episcopal, llevó a cabo mejoras en la catedral y en la basílica de San Vicente,[13] y entregó la antigua iglesia de San Segundo de Adaja, junto con las casas contiguas y una pensión de 500 ducados, a los frailes carmelitas descalzos, que querían fundar un convento masculino en honor a Teresa de Jesús.