El numeral XXIX le fue asignado al ser reclutada para la guerra civil entre César y Pompeyo y formar parte de las legiones cesarianas desde la XX hasta la XLI.
Cuando los pompeyanos, encabezados por Catón de Útica consiguieron organizarse en el norte de África, César decidió invadir este territorio, para lo cual organizó un desembarco y traslado un importante ejército hasta Adrumento, trasportando, entre otras legiones, a la Legio XXIX.
[2] La batalla decisiva se libró en Tapso, desplegando César la Legio XXIX en el centro del dispositivo.
[3][4] Vencidos sus enemigos, la unidad permaneció de guarnición en África.
La unidad fue licenciada en 30 a. C.[5] y sus veteranos recibieron tierras en el noreste de Italia, concretamente en Castrum Novum en la Regio V Picenum, donde conocemos a uno de sus veteranos llamado Pío,[6] y en la colonia Pola en la Regio X Venetia et Histria, en la cual conocemos a uno de sus tribunos, Lucio Sergio Lépido,[7] en cuyo honor fue erigido el arco de triunfo conocido como arco de los Sergios, decorado en intradós del arco con un relieve en el que aparece un águila atacando a una serpiente, símbolo de su antigua legión.