[cita requerida] Más tarde entró en acción en la batalla de Farsalia en el año 48 a. C., Julio César llevó la VI a Alejandría para decidir la disputa en Egipto con Cleopatra.

Alejandría fue sitiada, y la VI sufrió muchas bajas, perdiendo casi dos tercios de sus efectivos.

Posteriormente, la Legio VI Ferrata luchó en la guerra de Antonio contra los partos en el año 36 a. C.[7]​ Durante la guerra entre Antonio y Octaviano, las legiones VI Ferrata y Victrix se encontraron en bandos opuestos en la batalla de Accio en el 31 a. C. La Legio VI Ferrata fue severamente dañada por las fuerzas de Octaviano.

Conforme la guerra avanzaba, fue colocada bajo el mando de Cayo Licinio Muciano y luchó contra Vitelio.

[10]​ En el año 106 la legión puede localizarse en Bostra en Nabatea bajo Aulo Cornelio Palma Frontoniano.

[12]​ Una canción popular rusa llamada "Águila de la sexta legión" está dedicada a la Legio VI.