[4]​ Sin embargo, los persistentes niveles de contaminación (particularmente por plaguicidas) y los efectos del cambio climático en Uruguay impactan directamente sobre la Laguna, y por lo tanto sobre la calidad del agua.

[8]​ La Laguna del Cisne ya presentaba un alto grado de contaminación por nutrientes (un proceso denominado eutrofización) en la década de los '80, pero el proceso se aceleró debido a cambios en los usos del suelo.

[8]​ Previo a la construcción del dique, en la Laguna predominaba vegetación con plantas flotantes, pero la construcción del dique generó una barrera natural que limitó la presencia de estas plantas.

[2]​ En el año 2013 la presencia de floraciones tóxicas ocasionó que el agua saliera con mal olor y sabor.

El estudio encontró trazas de plaguicidas "heredados" (que se utilizaban en el pasado, pero que ya no se utilizan) y plaguicidas actualmente en uso, con variaciones de la presencia entre temporadas.

Entre el 2010 y el 2016 se desarrolló un conflicto ambiental, fundamental por la expansión de la frontera agrícola en la zona.

A partir del 2008, el cultivo de soja se expandió en el área.

[cita requerida] Esta situación generó un conflicto ambiental entre las personas viviendo en el área, los productores a gran escala y la Intendencia.

Esto incluyó la reglamentación de las tareas productivas que pueden desarrollarse en la zona.

[8]​ En 2023, se propuso la construcción de una autopista para facilitar el tránsito desde La Tahona hacia la Ruta Interbalnearia.

Además, en la zona se pueden realizar avistamientos de distintas aves.