Su carrera científica se vio dificultada por la situación política: había ido ganando prestigio por sus publicaciones sobre psicología musical, estética musical y teoría de las vocales, por lo que recibió en 1937 un nombramiento en Berlín, donde se encargó de crear el Archivo de Música Popular.
Por ello retornó a Múnich, en cuya universidad fue nombrado en 1940 profesor extraordinario de filosofía.
[1] Allí entraron en contacto con él, en diciembre de 1942, Hans Scholl y Alexander Schmorell.
[1] Clara, la esposa de Huber rogó al compositor Carl Orff que usara sus influencias para salvarlo pero este se negó aduciendo que lo "arruinaría".
Tiempo después, la viuda recibió una carta del músico pidiendo perdón.