Deutsche Luft Hansa solicitó un avión comercial de larga distancia ya en 1933.

El Junkers Ju 90 era un tetramotor, construcción metálica, ala baja, equipado con estabilizadores verticales gemelos.

La firma Junkers recibió una compensación por siete Ju 390 en construcción, cuando se cancelaron las órdenes.

Contaba con inodoro, guardarropa un compartimento para el correo a popa y una bodega de equipajes.

El fuselaje era considerado muy amplio según los estándares del tiempo con un ancho interno de 2,83 m. El primer prototipo, Ju 90 V1, estaba propulsado por cuatro motores en V invertidos refrigerados por líquido Daimler-Benz DB 600 C que generaban 820 kW (1.100 hp) cada uno.

Un segundo prototipo (V2) fue entregado a Luft Hansa en mayo de 1938 para continuar con las evaluaciones.

El movimiento hacia una menor potencia probablemente fue necesario por las demandas y presiones a Daimler-Benz por parte del RLM y la Luftwaffe para producir motores para aviones de primera línea estratégicamente importantes.

South African Airways también ordenó dos Ju 90A-1 con motores Pratt & Whitney R-1830 Twin Wasp de 670 kW (900 hp).

Estos aparatos fueron conocidos por la designación alternativa Z-3 para distinguirlos del Z-2 con motor BMW.

A medida que avanzaba la guerra, los seis aviones sobrevivientes de Luft Hansa también entraron al servicio de la Luftwaffe, aunque dos fueron devueltos a Luft Hansa más tarde.

Los dos últimos prototipos, V7 y el V8, se utilizaron directamente en el programa de desarrollo Ju 290.