Fue uno de los aviones (junto con el Messerschmitt Me 264 y el Focke-Wulf Ta 400) presentados para el fallido proyecto Amerika Bomber.[1] En 1943 se construyeron y evaluaron dos prototipos conseguidos sobre la base de insertar un par de segmentos de ala en sus raíces a dos estructuras básicas del Ju 90 (primer prototipo) y del Ju 290 (2º prototipo) y agregando nuevas secciones para alargar los fuselajes.Se sugirió que la versión bombardero podría llevar al Messerschmitt Me 328 como caza parásito para autodefensa.Hay un debate sobre cuál de los dos Ju 390 construidos voló.Fotografías de dos Ju 390 en vuelo sobrevivieron a la Segunda Guerra Mundial, pero el fuselaje del prototipo V2 jamás se encontró.
